Hoje em dia está cada vez mais comuns a hospedagem de plugins para vim em repositórios remotos, como o github.com e o bitbucket.com. O problema da instalação destes plugins é que é necessário clonar o repositório e manualmente mover os arquivos para os respectivos diretórios, dentro do ~/.vim/.
A atualização destes plugins acaba sendo uma tarefa negligenciada, pois demanda um esforço muito grande. Isto, sem considerar a necessidade da atualização, pois seria necessário visitar todos os sites dos plugins vendo se há a necessidade de atualização.
Com o pathogen.vim, a coisa muda um pouco de perspectiva. O plugin cria um diretório chamado bundle dentro do ~/.vim/. Dentro deste diretório é permitido criar subdiretórios que contenham a mesma hierarquia contida em ~/.vim/.
